九五期間，學校投入工程重點學科建設經(jīng)費6500萬元，普遍改善了學校的教學和科研條件，為學校集中力量進行重點研究領(lǐng)域的建設打下了良好的基礎。在建設期間共獲得國家級獎勵13項、省部級獎勵221項，包括由學校獨立完成的國家技術(shù)發(fā)明一等獎和國家科技進步一等獎各1 項。
十五期間，學校在總結(jié)經(jīng)驗的基礎上，將學科建設作為工程建設的主要內(nèi)容，通過加大投入力度、精選建設項目等措施，尋求重點突破，投入學科建設經(jīng)費14000萬元。本期工程項目的建設進一步提高了學校優(yōu)勢學科的水平，其中部分學科進入了國內(nèi)高校同類學科的先進行列。在十一五重點學科評審中，學校在保住原有的5個國家級重點學科的基礎上，新增了4個重點學科，使我校國家級重點學科的分布面達到6個一級學科，取得了重大進展。
| 南京理工大學十一五國家重點學科 | |
| 一級學科國家重點學科 | |
| ★兵器科學與技術(shù) （含武器系統(tǒng)與運用工程，兵器發(fā)射理論與技術(shù)，火炮、自動武器與彈藥工程，軍事化學與煙火技術(shù)4個二級學科） | |
| ★光學工程 | |
| 二級學科國家重點學科 | |
| ★材料學 | ★電磁場與微波技術(shù) |
| ★應用化學 | ★模式識別與智能系統(tǒng) |
| 南京理工大學十一五江蘇省重點學科 | |
| 光學工程 | 機械電子工程 |
| 納米材料及相關(guān)技術(shù) | 通信與信息系統(tǒng) |
| 計算機應用技術(shù) | 工程熱物理 |
| 控制理論與控制工程 |
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